目前，我国有机农业在生产加工、运输、销售等方面发展都还很不成熟，有机产品在生产、劳动力投入、质量管理等过程中的成本较高，产量较低，且常规农场要转变为有机农场需要有2～3年的转换期，因此有机产品的售价一般都比普通产品价高。但是，常规产品的低价格中，没有考虑不可持续的农业生产方式对人类健康的危害，没有考虑其环境成本、更没有考虑是否能给农民以公平的报酬。
另外需要说明，目前市面上见到的比常规产品价格高出十几、二十倍，甚至上百倍的有机产品只是个例。目前我国大多数有机产品的价格比常规产品高1~5倍。而且，一般来说，采用PGS方式认证的产品比商业化认证的有机产品要实惠许多。
在欧美市场上，大部分有机食品价格只高出同类普通食品的50％左右。美国一般的有机食品比常规食品价格高出大约30%-40%。德国有机比常规产品价格高出20%～75%。但是，这与中国的情况不可同日而语。国际有机农业运动联盟（IFOAM）早在1972年就在法国成立，开始其在欧洲的工作；而在美国，1962年蕾切尔·卡逊《寂静的春天》出版后，就掀起了人们对于化学药物污染的反思，其后美国于1970年代也开始了有机农业运动。在我国，有机农业只是近几年才走进大众的视野，特别是目前针对有机农业的科学研究项目还屈指可数。发展的严重滞后导致我国有机农业在生产加工、运输、销售等方面的成本过高，产品价格高也是不可避免的事。将来，随着我国有机农业的逐步发展，技术逐步完善、土地得到修复、产量有所提升、市场也进一步扩大时，有机产品的价格才有望得到降低。但是，这些方面的进步，绝不只是有机企业单方面的事，而是媒体、政府和广大消费者需要一起努力去推动的。